Андрей Шаповалов был назначен на должность директора в апреле 2009 года. Сообщается, что он уволился по собственному желанию. Информации о его преемнике на этом посту еще нет, пишет «Коммерсантъ».

Государственное автономное учреждение культуры Новосибирской области «Новосибирский государственный краеведческий музей», кроме краеведческого, включает музеи природы, связи Сибири, олимпийской славы, а также музейно-туристический комплекс «Сузун – завод. Монетный двор», городскую усадьбу Ново-Николаевска. В конце декабря 2015 года Новосибирский краеведческий музей открыл свои двери для посетителей после четырех лет масштабного ремонта. Здание в самом центре города заметно преобразилось: стало современным, ярким и более приспособленным для музейной работы.

«Когда в стране музеи закрываются – особенно в провинции, особенно в малых городах – в Новосибирской области практически ежегодно появляются новые здания музеев, новые экспозиции», - говорил Андрей Шаповалов на открытии Музея сибирской народной иконы в Сузуне.