Наибольшее количество вопросов вызвал давно уже спорный пункт об изменении схемы зонирования участка по улице Коптюга в Академгородке. На месте рекреационной зоны предусмотрено строительство многоквартирных жилых домов. По заключению экспертов Ботанического сада, деревья, посаженные на этом участке более 50-ти лет назад, поражены грибком, находятся в умирающем состоянии и подлежат вырубке. Однако с учетом мнений жителей Академгородка сделаны рекомендации в проект застройки о сохранении, по возможности, деревьев между домами и восстановлении парковой зоны в соотношении не менее 30 процентов после завершения строительства. Также в проекте застройки уменьшено количество домов. Академгородок, как многократно подчёркивают в своих выступлениях противники застройки его территорий, является визитной карточкой не только сибирской, но и отечественной науки. Но, по мнению председателя городского Совета Надежды Болтенко, нельзя слепо противиться всем нововведениям. Для дальнейшего развития как территории и как научно-исследовательского центра Академгородок нуждается в технопарковой зоне, немыслимой без строительства жилья. По мнению председателя комиссии по градостроительству Вячеслава Илюхина, отклонение проекта приведёт к увеличению сроков подготовки участков, а это может оттолкнуть инвесторов, готовых вложить финансовые средства в развитие этих площадок.
Спорный вопрос
Городской Совет Новосибирска на очередной сессии рассмотрел проект решения о внесении изменений в Положение о застройке города Новосибирска, принятое в 2003 году. Ключевым вопросом стала застройка Академгородка.