В 1981 году Центр принял участие в ВДНХ в павильоне «Стандарты СССР». По итогам работы выставки была издана книга «Наука — Эффективность — Производство».
В 1986 году специальным постановлением ЦК КПСС и СМ СССР Госстандарт обязали провести подготовительные мероприятия для введения с 1 января 1987 года Государственной приемки продукции в объединениях и на предприятиях. Западно-Сибирский центр стандартизации и метрологии активно включился в эту работу, подбирая кадры для руководителей госприемки. В декабре 1987 года на базе Центра создан отдел госприемки, которым руководил В. В. Ежевский. Но в 1990 году функционирование госприемки было приостановлено, а к концу 1990 года система была ликвидирована.
В стране шла «перестройка», многие промышленные предприятия закрывались, а значит, падал объем работ и органов Госстандарта.
В это непростое время (1989 год) началось строительство инженерно-лабораторного корпуса Центра на проспекте Дзержинского. Начиная с 1995 года бюджетное финансирование строительства было прекращено, до ввода в эксплуатацию строительство велось за счет собственных средств предприятия.
В начале 90-х годов прошлого века приняты законы РФ «О защите прав потребителей», «О сертификации продукции и услуг» и другие, в 1992 году в России начали внедрять национальную систему сертификации.
В Центре началась подготовка к работам по сертификации продукции, шло оборудование новых и дооснащение существующих лабораторий по испытаниям продукции.
Начиная с марта 1993 года аккредитованы на право проведения работ по сертификации созданные в Центре органы по сертификации пищевой продукции и продовольственного сырья, электрооборудования, продукции производственно-технического назначения, промышленной продукции и услуг с обширной областью аккредитации.
В это же время Центр оснащался новым поверочным оборудованием, предназначенным для поверки радиотехнических, электротехнических, линейно-угловых, физико-химических, механических средств измерений.
Одновременно продолжалось строительство нового корпуса, и в 1999 году первые четыре этажа были «заселены» метрологическими отделами. Окончательное строительство здания Центра завершено в 2001 году.
В 2002 году в соответствии с приказом Госстандарта произошло разделение функций метрологического обеспечения и сертификации продукции и услуг. Сертификация продукции и услуг как функция была исключена из видов деятельности НЦСМ.