С 1 января 2014 года индивидуальные предприниматели попали под защиту системы страхования вкладов. Страховое возмещение выплачивается ИП в размере 100% суммы всех его счетов в банке, открытых для осуществления предпринимательской деятельности, но не более 700 тысяч рублей в совокупности. В отличие от депозитов физических лиц страховое возмещение ИП выплачивается только в безналичной форме на счет, открытый для предпринимательской деятельности. Сумма, не компенсированная страховкой, будет погашаться в ходе ликвидации банка. Для счетов ИП — в составе кредиторов третьей очереди.
В задачу банка-агента входит оперативный прием заявлений и организация процесса по максимально быстрой выплате компенсаций. Прием заявлений о выплате возмещения по счетам и иных необходимых документов, а также выплата возмещения начались 9 апреля 2014 года.